排出事業者が交付した紙マニフェストは収集運搬業者や処分業者に提出後、A票、B2票、D票、E票の4枚は返送されます。A票については交付日から5年間、その他は返送を受け取った日からそれぞれ5年間の保管義務が法律で定められています。
しかし、提出した書類は一度にまとめて返送されるわけではありませんし、最終処理までに時間を要すため業者とやり取りをしているうちに「いつの間にか紛失してしまった」ということも考えられます。
紛失したまま放置すると、保管義務違反で6カ月以下の懲役または50万円以下の罰金に課せられる可能性があります。実際、過去にも「帳簿で管理しているからいいだろう」と紙マニフェストを廃棄した排出事業者が書類送検される事例もありますので、大切に保存する必要があります。

「紛失したマニフェストは再交付すればよい」と、思われる方もいらっしゃるかもしれません。しかし、マニフェストは業者に引き渡すと同時に交付するものですから、後から再発行することは原則できないことになっています。
そもそも、一回の廃棄物処分依頼に2つのマニフェストが存在することになりますし、以前発行したものを廃棄すると保管義務違反だけでなく、委託した内容と異なる虚偽の交付をした（虚偽記載）とみられる可能性もあります。
たった一枚の票とはいえ、紙マニフェストを再発行することのリスクも認識しておきましょう。

受け取ったコピーの伝票は、後日返送されるマニフェスト伝票を照合して記載内容が適正か確認するようにします。
また、コピーの伝票には紛失した経緯などを示すメモを残しておくと便利です。たとえば、「A票紛失のため、B1票のコピーにて代用」といったメモを添えることで、後で確認する際にコピーの伝票を誤って破棄するようなトラブルも防げます。

上記の対処法はあくまで故意ではない紛失時の代替措置ですが、そもそも、マニフェストを紛失しやすい管理体制であることのほうが大きな問題でしょう。
紙マニフェストを5年間保存するとなれば、年度ごとに分けるなど後で確認しやすい方法で運用する必要がありますし、保管場所も必要になってきます。こうした課題を解決するうえで、電子マニフェストがおおいに貢献します。
電子マニフェストに移行すれば、紙の伝票そのものがなくなるので紛失リスクもありませんし、データで保存するため保管場所を用意する必要もなくなります。なお、マニフェストのデータは第三者機関（情報処理センター）が保存するため、自社で管理する負担も軽減します。
このほかにも電子マニフェストには、業者間のやり取りがスムーズになることや、人為的なミスが各段に少なくなること、後で確認する際に探しやすいなど業務効率化も進められるといったメリットもあります。