マニフェストには細かく基準が明記されていますが、それぞれに目的があります。

マニフェストを見れば、ある廃棄物がどこから来てどこで処理されるのかが容易に把握できるようになりました。また、マニフェストを義務化したことにより、廃棄物を不法投棄できない状況が作られたのです。

マニフェストを使用しなかった場合には厳しい罰則があります。また、指定の期間内に各担当自業者から完了報告がなかった場合には、各都道府県の担当窓口に報告する義務もあります。

マニフェストは、1990年に初めて登場した制度です。1993年の4月には、産業廃棄物の中で特定産業廃棄物だけはマニフェストを使用することが義務化されました。さらに1998年には、マニフェストを全ての産業廃棄物に適用することが決定されたのです。
その後もマニフェストは厳しくなり、2001年になると排出事業者は中間処理だけでなく最終処分の確認をすることが義務化されました。

このように、年々マニフェストが厳しくなってきた背景には、産業廃棄物の不法投棄が深刻な社会問題を引き起こしていたことがあります。そこで、排出事業者に最後まで廃棄物の責任を負わせることによって不法投棄を減らし、業務の健全化を図る目的でマニフェストが厳格化されてきたのです。

マニフェストは上記の段階を踏んで移動していきます。次項では、マニフェストの流れをより詳しく解説します。

マニフェストの交付から最終処分まで、一連の流れを解説します。

排出事業者は、マニフェストの交付を受けてから必要事項を記入していきます。交付された紙マニフェストは、A、B1、B2、C1、C2、D、Eの7枚複写になっています。運搬業者が引取りに来た際に署名をしてもらい、A以外は廃棄物と一緒に運搬業者へ渡します。Aは排出事業者の方で保管されます。

廃棄物とマニフェストは、中間処分業者へと運ばれ、中間処分業者は、署名をするとB1とB2のマニフェストを運搬業者へと渡します。さらにB2は排出業者に送付され、運搬完了の報告を同時に行うのです。

中間処理業者によって処理が終わると、署名をしてC1は手元に保管し、C2を運搬業者に、Dを排出事業者に送付します。Eは、最終処分が終わってから送付するので、この時点ではまだ保管しておきます。

中間処理業者の処理が終わると、最終処分業者は新しく交付したマニフェスト（2次マニフェスト）によって処分の終了を確認します。そして、中間処分業者が保管していたマニフェストEに最終処分が完了した日付を記載し、排出事業者に送付するのです。

これらに違反すると、6ヶ月以下の懲役もしくは50万円以下の罰金またはその両方が課せられます。担当者の入力ミスによって違反となってしまうケースもあり得ますが、発覚した場合は罰則が適用されるのです。